Η σειρά των… 00’s έφτασε καθώς σειρά παίρνουν οι τελικοί του Κυπέλλου που διεξήχθησαν τη νέα χιλιετία. Εκεί όπου τα ντέρμπι ήταν ουκ ολίγα με τα ζευγάρια των τελικών να αλλάζουν κάθε χρόνο, δείγμα του υψηλού επιπέδου ανταγωνισμού που επικρατούσε πριν μία δεκαετία.
2000: Ο πρώτος τελικός από τους αρκετούς που ακολούθησαν ανάμεσα στους σέρβους κουμπάρους. Ο Ίβκοβιτς συνήθιζε να παίρνει τα κύπελλα κι ο Ομπράντοβιτς τα πρωταθλήματα. Νίκη λοιπόν για τον Ντούντα και την ΑΕΚ με 59-57 επί του Παναθηναϊκού στα “εγκαίνια” του κλειστού της Πυλαίας! Πρωταγωνιστές οι Κορωνιός (12π), Τσακαλίδης (12π) και Κακιούζης (10). Στα περίεργα το γεγονός ότι ο mvp για πρώτη και τελευταία φορά βγήκε από τους χαμένους και να είναι ο Ρέμπρατσα (18π)!
2001: Επανάληψη του τελικού του 2000 με τον ίδιο νικητή και την ίδια διαφορά στο σκορ σε ένα ακόμα παιχνίδι θρίλερ. Αυτή την φορά στο ΟΑΚΑ με σκορ 66-64 και πρωταγωνιστές τους Κουτλουάι (22π), Στεφάνοφ (20π). Για τον Παναθηναϊκό ο συνήθης ύποπτος πρωταγωνιστής Ντέγιαν Μποντιρόγκα είχε 20π.
2002: Σε έναν τίτλο μετά από το 1997 φτάνει ο Ολυμπιακός του Αλφόνσο Φορντ και του Παπαλουκά. Επικρατεί του Αμαρουσίου με 74-66 με πρωταγωνιστή ποιον άλλον από τον Αλφόνσο Φόρντ, ο οποίος πέτυχε 24 πόντους, με τον Παπαλουκά να προσθέτει άλλους 11. Πολυτιμότερος του Αμαρουσίου του πιτσιρικά τότε Βασίλη Σπανούλη (3π) ο Κοχ με 19π (5τρ).
2003: Στο νέο γήπεδο της Λάρισας ο Παναθηναϊκός επικρατεί του Άρη με 81-76 έχοντας ως κορυφαίους Αλβέρτη (22π) και Κουτλουάι (20π). Από τους κιτρίνους ξεχώρισε ο Γκρεγκόφ (15π).
2004: Ο επεισοδιακός τελικός στην Λαμία είχε ως νικητή τον Άρη με 73-70 αφού χρειάστηκε πρώτα να εκκενωθεί το γήπεδο και να αλλάξει ο ρυθμός του αγώνα, που είχε μέχρι τότε πρωταγωνιστή τον Ολυμπιακό. Κορυφαίοι για τους κίτρινους Πάρκερ (21π), Λιχολίτοφ (13π) ενώ από τον Ολυμπιακό θετικοί ήταν οι Χαρίσης (13π) και Διαμαντόπουλος (11π).
2005: Το πρώτο από τα πέντε σερί κύπελλα του Παναθηναϊκού, ρεκόρ που κρατάει μέχρι σήμερα. Αντίπαλος πάλι ο Άρης και νίκη με 72-68 σε ένα παιχνίδι που η ομάδα της Θεσσαλονίκης έχασε μία διαφορά 20 πόντων. Κορυφαίοι για τους πράσινους του Ζέλικο Ομπράντοβιτς, Λάκοβιτς (15π) και Τσαρτσαρής (14π).