Με τον Ηρακλή να μη βρίσκεται στην καλύτερη δυνατή κατάσταση, ανέλαβε να καθοδηγήσει την ομάδα και να της εξασφαλίσει την παρουσία και στην επόμενη Α2 κατηγορία. Δέχθηκε, όμως, την πρόκληση και τα κατάφερε, με τις πιθανότητες να μην είναι υπέρ του Γηραιού, όταν αναλάμβανε. Ο Στέφανος Πέρκος, ήταν σίγουρα από τους ανθρώπους που έδωσαν ώθηση στην ομάδα της Θεσσαλονίκης, προκειμένου να μη βιώσει μία ακόμη άσχημη ιστορική της στιγμή, με τους πανηγυρισμούς στο φινάλε της σεζόν στο Ψυχικό να είναι δικαιολογημένοι.
Το μέλλον του, ωστόσο, δεν κρίνεται βέβαιο. Ο ίδιος έχει κάθε πρόθεση να συνεχίσει να προπονεί τον Ηρακλή, αλλά η παραμονή του εξαρτάται και από την κατάσταση του ιδιοκτησιακού καθεστώτος. Στο συγκεκριμένο κομμάτι, η διοίκηση Αποστολίδη, την οποία έχει σε μεγάλη εκτίμηση ο Στέφανος Πέρκος, μπορεί να έχει επίσης διάθεση να συνεχίσει τη συνεργασία μαζί του, αλλά πολλά θα εξαρτηθούν και από τον… ποδοσφαιρικό παράγοντα. Οι επισκέψεις του ισχυρού άνδρα της ΠΑΕ, Σπύρου Παπαθανασάκη, κάθε άλλο παρά τυχαίες ήταν στα τελευταία ματς στο «Ιβανώφειο» και δεν αποκλείεται να εκφράσει ενδιαφέρον για συμμετοχή του και στο μπασκετικό τμήμα. Όλα αυτά, αναμένεται να ξεκαθαρίσουν περί τα μέσα Ιουνίου, προκειμένου να αρχίσει να υλοποιείται και ο σχεδιασμός της νέας σεζόν.
Η εκτίμηση του Έλληνα κόουτς προς την παρούσα διοίκηση, φαίνεται και από την ακόλουθη δήλωσή του:
«Πολλοί θα με χαρακτήριζαν παράτολμο όταν πριν από μερικούς μήνες ανακοινώθηκε η πρόσληψή μου για τη σωτηρία του Ηρακλή. Η πίστη μου όμως στον εαυτό μου και στις δυνατότητες αυτής της τεράστιας ομάδας, με έναν από τους φανταστικότερους κόσμους, μ’ έκαναν να μη το σκεφτώ καθόλου.
Τους φιλάθλους μας, οι οποίοι είναι καταπληκτικοί, και το αποτέλεσμα της έλλειψής τους (10 αγωνιστικές) φάνηκε ξεκάθαρα σε όλη τη σεζόν, τους ευχαριστώ θερμά για όλη τους τη στήριξη κατά τη δύσκολη αυτή διαδρομή.
Επίσης, ευχαριστώ όλους τους παράγοντες της διοίκησης Αποστολίδη, και τον ίδιο προσωπικά, γιατί μου εμπιστεύτηκαν αυτό το εξαιρετικά δύσκολο εγχείρημα.
Εξάλλου, όπως γνωρίζετε, για 2η συνεχή χρονιά «στρατεύομαι» δίπλα στην ομάδα, με σκοπό να επιτύχει τους όποιους στόχους της. Αισθάνομαι πολύ περήφανος που και τις δύο χρονιές τους έχουμε πετύχει».