Σύμφωνα με το άρθρο 12 – παρ. Δ΄ της Ειδικής Προκήρυξης Πρωταθλήματος Γ΄ Εθν. Κατηγορίας, περιόδου 2016 – 2017 και μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας ανόδου και υποβιβασμού Σωματείων, θα γίνει κλήρωση για την ανακατανομή των Σωματείων ΕΣΚΑ, ΕΣΚΑΝΑ και ΕΚΑΣΘ στο 1ο, 2ο, και 3ο, 4ο Όμιλο αντίστοιχα.
Σε κάθε Όμιλο θα ενταχθούν με την κλήρωση τόσα Σωματεία ΕΣΚΑ και ΕΣΚΑΝΑ και ΕΚΑΣΘ, όσα ακριβώς απαιτούνται για να συμπληρωθεί ο προβλεπόμενος αριθμός των Σωματείων σε κάθε Όμιλο της Γ’ Εθνικής κατηγορίας.
Οι κληρώσεις του 1ου, 2ου ομίλου και του 3ου, 4ου ομίλου θα γίνουν την Δευτέρα 12 Ιουνίου 2017 και ώρα 13.00, στα Γραφεία της Ε.Ο.Κ. (ΟΑΚΑ-Μαρούσι) και στην αίθουσα διαλέξεων του Καυταντζογλείου σταδίου στην Θεσσαλονίκη αντίστοιχα.